Во время карьеры игрока Рафик Хабибуллович защищал цвета "Лады" на протяжении трех сезонов - с 1992 по 1995 год. Вместе с тольяттинским клубом он завоевал Кубок Межнациональной хоккейной лиги и в 1994 году стал чемпионом России. В качестве функционера Якубов трудился в системе СКА (Санкт-Петербург), был генеральным менеджером казанского "Ак Барса", "Нефтехимика" из Нижнекамска. В сезоне 2025/26 он работал на позиции спортивного директора в московском "Динамо".